HỆ THỐNG GIẢI TRÌNH TỰ VÀ PHÂN TÍCH ĐOẠN DNA
Model: ABI 3500
Nhà sản xuất:
Applied Biosystem - Mỹ/Nhật
Hệ thống điện di DNA mao quản
(CE)
Ứng dụng:
– MRX
Resequencing Panel
– QF-PCR
Aneuploidy Detection
– Maternal Cell Contamination
– Pendred Syndrome - MLPA®
– T/B-Cell
Clonality
– Methylated
DNA Sequencing & Analysis
– SNaPshot®
ABO Blood Typing
– LOH
– UPD
–
Normalization
–
Hardware/System Overview
– KB™
Basecaller
– ISSR
– AFLP
– T-RFLP
* Kỹ thuật nhận dạng bằng tần sóng vô tuyến (RFID) : quét mã code trên các nhãn
của các vật tư tiêu hao để theo dõi và báo cáo thông tin về hạn sử dụng, mã
code,…
* Sử dụng 6 màu huỳnh quang phân tích đoạn
* Sử dụng một loại mao quản, một loại polymer cho hầu hết
các ứng dụng
I. CÁC TÍNH NĂNG KỸ
THUẬT CỦA HỆ THỐNG:
* Công suất hệ thống: > 360 mẫu /24 giờ
* Số lượng mao quản sử dụng: >= 8 capillary, capillary
có phủ trong, với một hệ thống gắn liền dễ dàng lắp đặt.Có thể khả năng nâng cấp
từ 8 mao quản lên 24 mao quản.
- Chiều dài mao quản 36 cm và 50 cm hỗ trợ cho nhiều ứng
dụng và các chương trình chạy khác nhau
- Mao quản 50 cm được tối ưu với nhiều ứng dụng sử dụng với
1 loại polymer POP-7™ và các modules chạy tương ứng.
- Tuổi thọ của mao quản 3500 trung bình >160 lần chạy
mẫu
* Hệ thống đổ gel trên cột tự động:
-Tiết kiệm được polymer do ống đường dẫn polymer giữa bơm
và túi polymer được thiết kế mỏng
- Hệ thống 3500 bao gồm 3 loại polymer : POP 7 , POP 6 và
POP 4 được thiết kế dạng túi để sẵn sàng lắp đặt và chạy mẫu
- Hầu hết các ứng dụng đều có thể chạy với polymer POP7
và mao quản với chiều dài 50 cm
* Buffer và vật tư tiêu hao
- Hệ thống giải trình tự 3500 có Cathode Buffer, Anode
Buffer và hoá chất chuẩn được thiết kế sẵn
và lắp đặt vào chạy mẫu ngay.
- Khay chứa buffer, chất chuẩn sẽ được bỏ đi khi số lượng
mẫu tối đa và đã chạy hoàn tất.
+ Buffer cực dương ( CBC):
+ Buffer cực âm( ABC)
+ Túi chuẩn hoá
* Bộ nạp mẫu tự động:
Cho phép lấy mẫu tự
động từ cả hai loại khay chứa mẫu: khay
96 mẫu và khay 384 mẫu
- Hệ thống 3500
thiết kế sử dụng cho dạng plate 96-well Fast và 8- tube chuẩn hoặc Fast strip.
* Chất nhuộm:
- Khả năng phân tích đoạn DNA được nâng cao với 6 màu huỳnh
quang.
* Nguồn Laser:
- Dùng nguồn laser dạng rắn kích thích ở bước sóng đơn
505nm, tuổ thọ dài
* Detector thu nhận tín hiệu:
CCD (Charge Couple Device) camera
* Hiệu điện thế:20 kV
Thiết kế sẵn các chương trình dưới dạng các module sẵn
* Môi trường hoạt động:
Nhiệt độ: 15°C–30°C
(Nhiệt độ phòng không nên dao động hơn ±2°C
trong suốt thời gian chạy máy)
Độ ẩm: 20–80% ( không dẫn nhiệt)
* Nguồn điện:
- 100–240 V
±10%
- 50–60 Hz ±10%
* Kích
thước:
- Dài ( cửa đóng):
61 cm
- Dài ( cửa mở):
122 cm
- Sâu: 61 cm
- Cao: 72 cm
- Nặng: 82 kg
Nhận dạng
bằng tầng số vô tuyến ( RFID) nhãn:
- Hệ thống 3500 gắn
RFID trên nhãn của mao quản, túi polymer, tray chứa buffer và túi đựng dung dịch
chuẩn hoá máy.
- Những nhãn này
cho phép theo dõi và báo cáo thời hạn sử dụng, lot, part number, ngày hết hạn
và thời gian sử dụng trên máy.
* Chiều dài đoạn đọc
được: > 950 base
Độ chính xác: >90 %
Thời gian chạy chương trình
liên tục : 24 giờ
II.Phần mểm điều
khiển và phân tích:
1.Phần
mềm thu nhận tín hiệu:Dễ
dàng thiết đặt các thông số về ứng dụng Sequencing và Fragment cũng như các ứng
dụng chuyên biệt trên cùng một plate loại 96 well hoặc plate loại 384 well.
2. Các
phần mềm phân tích lựa chọn:
2.1. Sequencing
Analysis Software with KB™ Basecaller v1.4.1:phân tích trình tự, điều chỉnh base, báo cáo và in kết quả
- QV - Quality Value (được xác định bằng thuật
toán KB basecaller): là thông số thể hiện độ tin tưởng của base đọc được. Cho
phép dễ dàng đánh giá hiệu quả của quá trình đọc trình tự. được tính toán bằng
thuận toán KB basecaller
- Clear Range: biểu hiện phạm vi các base đọc
được trong đó mức độ tin tưởng cao nhất
- Mixed Base: các base chưa thể xác định chính
xác là base nào
Phần mềm cho phép người sử dụng
có thể tự chỉnh sửa các base (thay đổi thành base khác, chèn thêm hoặc cắt bớt
base) để có được kết quả đọc trình tự chính xác nhất.
Kết quả phân tích từ phần mềm
này có thể được lưu trữ thành các định dạng (format) khác nhau như định dạng
ABI (.seq), FASTA (.seq), Phred (.phd.1) và dạng đồ hoạ chuẩn.
2.2.GeneMapper®
Software : phân tích
microsatellite, LOH, SNP, MLPA, AFLP
và t-RFLP
- Xác định kích thước chính xác của các
fragment
# Phân tích kết quả của các ứng dụng phân tích
đoạn (không dựa trên STR - Short Tandem Repeat) như các ứng dụng
AFLP analysis - phân tích nhận
dạng quẩn thể hoặc cá thể thông qua tính đa hình chiều dài của của các đoạn được
nhân lên
# Phân tích kết quả cho các ứng dụng phân tích
đoạn dựa trên microsatellite (STR - Short Tandem Repeat) dùng cho nhận dạng quần
thể, cá thể.
LOH - Loss of heterozygosity.
Được ứng dụng trong xác định trạng thái dị hợp tử của gene đột biến (ví dụ như
gen làm phát sinh khối u - tumor suppressor gene)
Phân tích đột biến nhiễm sắc thể:
hội chứng down,... bằng bộ kit của
Aneufast
2.3.Variant Reporter™ Software :đột biến SNP, so sánh trình tự, xác nhận lại trình tự
2.4.SeqScape® Software : dùng để so sánh với các trình tự trong thư viện
2.5.MicroSEQ® ID Analysis Software : trong định danh vi sinh vật sử dụng kit MicroSEQ®
III.HOÁ CHẤT
Hệ thống giải trình tự gen 3500 có thể sử dụng
với các bộ kit như sau:
- Bộ kít BigDye® Terminator v1.1 and 3.1
Cycle Sequencing
- GeneScan™ LIZ® Size Standards
- GeneScan™ ROX™ Size Standards
- Một số kit ứng dụng chuyên dụng
Cung cấp bao gồm:
1.Máy chính 3500
2.Khay nạp mẫu dạng 96 giếng
3. Bộ kít lắp đặt và thử máy
4. 01 bộ
máy tính điều khiển và phân tích kết quả cung cấp đồng bộ theo máy
5.Máy in màu laser
5.Máy in màu laser
6.Phần
mềm thu nhận tín hiệu Data Colection Software 3500, Phần mềm giải trình tự
(Sequencing Analysis), Phần mềm đột biến (SeqScape® Software )và phần mềm
phân tích đoạn (GeneMapper® Software).
7.
Hoá chất và vật tư tiêu hao cho 200 phản ứng cho ứng dụng chẩn đoán truớc sinh(
QF)
8. Sách hướng dẫn sử dụng, protocol.
8. Sách hướng dẫn sử dụng, protocol.
9. 01 bộ lưu điện online Santak 3KVA
